Der Held der Geschichte, der Student Anselmus, ist ein Pechvogel, wie er im Buche steht. Zu Beginn der Handlung befindet er sich gerade an einer wichtigen Stelle seines Lebens. Er muß sich nun, am Ende seines Studiums stehend, für einen Beruf entscheiden, und es ist auch an der Zeit, eine Frau zu finden.

Am Himmelfahrtstag am Schwarzen Tor in Dresden stößt er den Korb eines alten Apfelweibes um, so daß er den Schaden zu bezahlen hat. Dazu verwendet er das Geld, das eigentlich für ein Mahl im Linkischen Bade gedacht war. Statt sich der bürgerlichen Lustbarkeit widmen zu können, verbringt er den Nachmittag unter einem Holunderbusch am Elbufer, wo ihm drei singende goldgrüne Schlangen begegnen, die in Wirklichkeit die Töchter des Archivarius Lindhorst sind, der ein verstoßener Salamanderfürst aus dem sagenumwobenen Atlantis ist.

Durch Vermittlung des Registrator Heerbrand erhält Anselmus eine Anstellung bei Lindhorst, wo er für einen hohen Lohn Schriften aus dessen Bibliothek zu kopieren hat. Dort malt er mit Hilfe von Linhorsts Tochter Serpentina fremdartige Schriften ab, die ihm zunehmend einfacher erscheinen. Im Verlauf der Arbeit beginnt er diese zu verstehen. Die Texte zeigen Anselmus eine ihm unbekannte mythische Welt, die ihn in ihren Bann schlägt und zu einem Wandel bewegt. Er orientiert sich weg von der spießigen Mentalität des Kleinbürgertums hin in die phantastische Welt der Schriften des Archivarius.

Als Gegenstück zu dem leitenden Archivarius taucht die Hexe vom Schwarzen Tor in der Gestalt des Apfelweibs Liese Rauerin immer wieder auf und behindert die poetische Erziehung des Studenten.

Durch den Blick in einen von der Hexe angefertigten zauberhaften Metallspiegel wird Anselmus in die Kleinbürgermentalität zurückgeworfen.

Durch die magischen Kräfte des Spiegels verliebt sich Anselmus in die Konrektorstochter Veronika Paulmann, die zusammen mit der Hexe den Spiegel in einer Nacht erstellt hat.

Als nun der durch diese Verzauberung verstörte Anselmus bei Lindhorst eine wertvolle Schrift mit Tinte verschmiert, da ihm die nötigen mythischen Voraussetzungen fehlen, wird der von der Hexe am Schwarzen Tor ausgesprochene Fluch wahr, und der Kopist stürzt "Ins Kristall".

Anselmus findet sich in einer Flasche auf einem Regal in der Bibliothek des Archivarius wieder. In einem Gespräch mit Kreuzschülern, die sich ebenfalls in Flaschen befindenden, wird er sich der ihm unerträglich schmerzhaften Enge des bürgerlichen Lebens bewußt.

Während eines Kampfes zwischen Hexe und Lindhorst um den goldenen Topf zerbricht die Flasche, Anselmus ist befreit und wird mit seiner liebe Serpentina auf ein Rittergut nach Atlantis geschickt. Dort lebt er, von der Feuerlilie des goldnen Topfs beschützt, als Dichter.

Veronika ehelicht den zum Hofrat ernannten Registrator Heerbrand, wodurch sich all ihre Wünsche erfüllen.

In einem abschließendem Gespräch tröstet der Salamanderfürst den Autor, der über sein "Dachstübchen" klagt und die "Armseligkeiten des bedürftigen Lebens" beweint und erklärt ihm, daß des Studenten Seligkeit nur "das Leben in der Poesie" sei.